忍者联军是火影忍者手游中一个需要多人协作的团队副本玩法，其核心在于阶段明确的关卡流程与紧密的团队配合，成功通关并达成时间条件还可解锁隐藏的尾兽化挑战。该玩法分为单人演习与联合行动两种模式，玩家需组建四人小队，依次攻克由白绝大军、忍刀七人众以及金角银角兄弟把守的关卡，整个流程对队伍间的沟通与战术执行有较高要求。
攻略的第一阶段目标是清理大量白绝，此阶段的关键在于提升整体清怪效率以节约时间。队伍成员需要集中火力快速消灭敌人，当团队总击杀数累积到一定程度后，部分队员即可选择提前退出战斗，这样既能确保通关又能有效压缩通关时长，为后续挑战隐藏关卡创造时间条件，因此开局前的战术沟通显得尤为重要。
进入第二阶段后，团队将面对忍刀七人众的分别把守，此处的核心战术是明确分工以避免资源浪费。四个小队必须各自选定一个不同的头目进行攻击，确保不会出现两个队伍重复攻击同一目标的情况，其中对阵鬼灯幻月时需注意其特殊的水化机制，要求玩家进行走位上的应对。清晰的攻击分配是顺利通过此阶段、防止关卡进度卡住的基础。
第三阶段的金角银角之战是攻略的重点与难点，需要系统化的作战流程。标准的打法是所有队伍先共同击败阿斯玛两次，之后再分为两组，分别全力攻击金角和银角。在实际战斗中，经常会出现其中一方的血量下降过快的情况，此时率先完成攻击的队伍不应等待，应立刻返回去再次挑战阿斯玛，待阵亡的敌人复活时间结束后，便可集结所有力量完成收割。
若想挑战最后的隐藏关卡，团队必须在约10分钟的时间内高效完成前述所有阶段，这对各队的输出能力与配合默契度提出了更高要求。在阵容选择上，使用技能伤害高且大招带有无敌效果的限定忍者，如希，能显著提升通关的稳定性与速度。整个忍者联军玩法考验的是从战术制定到临场应变的全方位团队协作能力。
