玩家可以通过选择不同的能力组合形成多种通关流派，每种流派都有其独特的得分与通关逻辑，理解并应用这些流派是提升挑战效率的关键。其中较为核心且被广泛探讨的流派主要集中在一拳流、清屏流以及秘卷流等几个方向，它们分别侧重于强化普攻、奥义技能或是秘卷的伤害，玩家需要根据对局中随机获得的能力来调整和构建自己的流派，从而应对不同关卡的挑战并追求更高的评分。
一拳流的核心思路是最大化体术普攻的伤害，其关键能力包括岩落之拳、恢复之拳、无臂均衡和假死。该流派通常推荐使用李洛克相关形态的忍者，因为他们的体术基础优秀，在获得岩落之拳的稳定控制与无臂均衡换取的高额伤害后，仅通过普攻就能持续消耗首领血量，同时恢复之拳能保持自身状态。这个流派的得分与通关依赖于近身战斗与对普攻节奏的把握，但其缺点在于若未能获得假死等自保能力，在后期高伤害关卡中容错率会降低。
清屏流则侧重于依赖奥义技能造成大范围高额伤害，核心能力围绕邪化查克拉、永恒查克拉和结印增强构建。该流派常选用各种形态的漩涡鸣人，因其技能适合远程攻击，操作难度相对较低。在获得永恒查克拉保证奥义点持续回复后，玩家可以通过走位和远程技能消耗，等待奥义就绪后对首领进行爆发输出。此流派的得分效率高，但对技能的依赖性强，需要合理管理替身术的冷却时间并可能需要搭配减冷却的伙伴来维持技能循环。
秘卷流是一种依赖单一秘卷进行输出的独特玩法，其核心在于强化秘卷的伤害与效果，关键能力包括秘卷连发、秘卷魔化和秘卷独臂。首选秘卷通常是一字连柱，因为它兼具控制与伤害，次选可为土遁土流枪。该流派通过叠加大量增强秘卷的能力，使得后期秘卷的伤害极具威胁。该流派前期发育较为困难，需要耐心等待核心能力出现，其通关与否与得分高低在很大程度上取决于随机获取特定秘卷及相关强化能力的运气。
除了上述主流派别，还存在其他如技能流、奥义流和普攻流的构建思路。技能流通常需要选择独臂等能力来集中强化某一个技能的输出。奥义流则致力于获取替换奥义的技能以及各类奥义增强能力，通过快速释放奥义来得分。而纯普攻流对操作走位要求极高，通常需要获得改变普攻形态的能力才能成立。在实际挑战中，玩家往往需要根据每局获得的能力进行灵活混搭，并无绝对的固定套路。
要成功运用这些流派在幻境试炼2中获得高分，还需掌握一些通用技巧。选择合适的初始忍者是基础，一些忍者拥有更适配特定流派的技能模组。在挑战过程中，合理利用新增的战斗伙伴如蛤蟆龙来减少技能冷却或吸引火力至关重要。面对不同阶段的首领时，观察其攻击模式并利用位移技能躲避是关键；尤其是后期出现的佩恩天道或秽土转生宇智波斑等首领，他们拥有霸体或大范围攻击技能，对普攻流或走位不佳的玩家构成巨大考验，此时拥有抓取技能的忍者会更具优势。
